沈渊
博士
教授
福建省厦门市翔安区翔安南路4221号周隆泉楼
Yuan SHEN
Professor
ZhouLongQuan Building, 4221 Xiang'an South Road, Xiang'an District, Xiamen City, Fujian Province
Tel:
Fax:
Email:
yuanshen@xmu.edu.cn
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个人履历
Brief CV
- 厦门大学 教授（2023.09-）
- 厦门大学 副教授（2020.08-2023.08）
- 美国加州大学圣克鲁兹分校 博士后（2017-2020）
- 美国南卡罗莱纳大学 博士（2017）
- Professor, Xiamen University (2023.09-)
- Associate Professor, Xiamen University (2020.08-2023.08)
- Postdoctoral Researcher, University of California-Santa Cruz (2017-2020)
- PhD, University of South Carolina (2017)
研究方向
Research Interests
- 海洋有机碳循环，重点研究开阔大洋、边缘海以及极地海区有机碳的组分、来源、生物活性、埋藏机制及其对全球气候、海洋生态系统变化的响应
- 利用深海蛋白珊瑚反演表层海洋有机物生产、营养盐来源、浮游动植物群落等演变历史
- Marine carbon cycle & sequestration; Arctic biogeochemistry
- Surface ocean history reconstruction using deep-sea proteinaceous corals and amino acid enantiomers and stable isotopes
代表性论文
Selected Publications
- Shen, Y.*, T. P. Guilderson, F. P. Chavez, and M. D. McCarthy (2023), Important contribution of bacterial carbon and nitrogen to sinking particle export. Geophysical Research Letters, 50, e2022GL102485
- Shen, Y.*, and R. Benner (2022), Reply to comment: Controls on turnover of marine dissolved organic matter-testing the null hypothesis of purely concentration-driven uptake. Limnology and Oceanography, 67, 680-683.
- Shen, Y.*, T. P. Guilderson, O. A. Sherwood, C. G. Castro, F. P. Chavez, and M. D. McCarthy (2021), Amino acid δ13C and δ15N patterns from sediment trap time series and deep-sea corals: implications for biogeochemical and ecological reconstructions in paleoarchives. Geochimica et Cosmochimica Acta. 297: 288-307
- Shen, Y.*, and R. Benner* (2020), Molecular properties are a primary control on the microbial utilization of dissolved organic matter in the ocean. Limnology and Oceanography. 65, 1061–1071.
- Shen, Y.*, R. Benner, K. Kaiser, C.G., Fichot, and T.E. Whitledge (2018), Pan-Arctic distribution of bioavailable dissolved organic matter and linkages with productivity in ocean margins. Geophysical Research Letters, 45:1490–1498.
- Shen, Y*.; R. Benner; A.E. Murray; C. Gimpel; B.G. Mitchell; E.L. Weiss, and C. Reiss(2017). Bioavailable dissolved organic matter and biological hot spots during austral winter in Antarctic waters. J. Geophys. Res.-Oceans 122: 508–520.
学术任职
Affiliations/Service
- Associate Editor: Biogeosciences
- Journal reviewer: Biogeochemistry; Biogeosciences; Continental Shelf Research; Environmental Science & Technology; Estuarine, Coastal and Shelf Science; Frontiers in Microbiology; Geochimica et Cosmochimica Acta; Geophysical Research Letter; Journal of Geophysical Research – Biogeosciences; Journal of Geophysical Research – Oceans; Journal of Marine Systems; Journal of Oceanology and Limnology; Limnology and Oceanography; Marine Chemistry; Nature Geoscience; Progress in Oceanography; Scientific Reports; Science of the Total Environment; Water Research
- Grant reviewer: University of Wisconsin Water Resources Institute, USA; National Science Centre, Poland.
- Member of American Geophysical Union (AGU)
- Member of Association for the Sciences of Limnology and Oceanography (ASLO)
- Secretary-general of the Youth Working Group, SOLAS, China
本科生教学：
《海洋科学入门》
《化学海洋学基础》
《化学海洋学基础实验》
研究生教学：
《高级化学海洋学》
《海洋生物地球化学循环》
在读生
刘涛
2023级博士研究生
研究方向：
1. 海洋惰性DOC储碳机理及潜力
2. 细菌来源惰性DOC生产、转化和积累
3. 海洋惰性DOC的分子特征
本科毕业论文：《海洋溶解有机碳浓度对其生物可利用性的影响研究》
个人简介：刘涛本科毕业于“中国最美大学之一”的厦门大学。在本科学习期间，他接触到了海洋溶解有机碳，并对此产生了浓厚的兴趣。在沈渊老师的悉心指导下，以DOC为中心开展了一系列培养实验和原位调查，旨在增进对海洋DOC循环的认识。他积极参加国内外学术会议与同行交流学习，曾荣获“第九届青年地学论坛优秀学生报告奖”。闲暇之余，他喜欢听歌、看电影、玩游戏，定期会去跑步、游泳和打羽毛球。如果你对他的研究感兴趣，欢迎联系他。
邮箱：taoliu@stu.xmu.edu.cn
高尧
2024级博士研究生
研究方向：海洋活性溶解有机碳的生产、转化及其调控因素
硕士毕业论文：《开阔大洋与中国南海单萜烯的分布特征、海-气通量及生物生产研究》
个人简介：高尧同学来自美丽的山东，她性格开朗，乐观积极。她本科就读于广西大学，大学时代也是她学术之旅的开始，实验室美丽的珊瑚让她对海洋产生了浓厚的兴趣，也充满了好奇；进入中国海洋大学攻读硕士学位期间，她对海洋内部及海-气界面物质的迁移和转化过程有了更深入的认识，这些经历为她的博士研究奠定了坚实基础。学习之余，她喜欢打羽毛球、网球，听音乐。她期待未来能与更多的同行交流，共同探索海洋科学的奥秘。
邮箱：yaogao@stu.xmu.edu.cn
李一娴
2022级硕士研究生
研究方向：西北太平洋颗粒态和溶解态氨基酸的分布、组成和转化
本科毕业论文：《夏季珠江口溶解有机碳的时空分布特征及其微生物可利用性初探》
个人简介：李一娴同学来自福建漳州，本科毕业于厦门大学海洋与地球学院海洋化学专业，后升学至本校，于2021年9月加入课题组，所参与航次累计54天，先后开展珠江口、西北太平洋溶解有机碳的微生物可利用性相关研究。在校期间曾任海洋与地球学院本科生党支部纪检委员，获得厦门大学“三好学生”荣誉称号。她乐于助人，欢迎大家有问题可以联系她。
邮箱：liyixian@stu.xmu.edu.cn
李佳霖
2023级硕士研究生
研究方向：中国典型海草床生态系统溶解态有机碳循环
本科毕业论文：《Preliminary Study on Dissolved Organic Carbon in Seagrass Ecosystem of Swan Lake, Shandong, China》, 2023年，Xiamen University Malaysia
个人简介：李佳霖同学来自沈阳，于2019年入学厦门大学马来西亚分校中国-东盟海洋学院，学习海洋科学（海洋环境化学）专业。2022年6月，他入选沈渊老师的MEL本科生暑期科研奖学金项目。2022年8月，加入腾讯BLUE-CARE项目，开始探究中国典型海草床生态系统的溶解态有机碳循环。分别在2024蓝碳生态系统国际专题研讨会和第60届国际河口海岸科学会议中获得学生优秀口头汇报奖。学习之余，他喜欢用听歌、摄影和自驾游来放松身心。他期待与对海洋科学感兴趣的同学交流。
邮箱：lijialin2023@stu.xmu.edu.cn
叶凡
2024级硕士研究生
本科毕业论文：《过去20万年以来黄土有机氮和无机氮同位素变化及其环境意义探究》
个人简介：叶凡同学来自江西南昌，活泼开朗，积极乐观。她本科毕业于海南大学海洋科学专业。本科期间海洋类课程的学习及科研经历，使她对海洋产生了浓厚的兴趣。她希望通过在厦门大学海洋有机碳循环课题组的学习，可以深入探索海洋有机碳的奥秘。她喜欢羽毛球、网球等运动。喜欢摄影拍照，记录生活瞬间。喜欢阅读，探寻书中的黄金屋。
邮箱：yefan@stu.xmu.edu.cn
毕业生
| 姓名 |
类别/届 |
目前所在单位 |
| 沈璐 |
本科生/2021 |
美国斯坦福大学 |
| 杨道广 |
本科生/2022 |
天津大学电化学储能技术中心 |
| 高畅婧楠 |
本科生/2023 |
香港大学 |
2024-2026：国家自然科学基金优秀青年基金项目，海洋溶解有机碳循环，在研，主持
2022-2024：国家自然科学基金青年基金项目，海洋惰性溶解有机碳微生物可利用性的限制因子研究，在研，主持
2025-2029：国家自然科学基金创新研究群体项目，海洋新陈代谢与元素循环，在研，参与（群体成员）
2023-2028：科技部重点研发项目，西北太平洋生物碳泵的氮磷铁调控及演变趋势，在研，参与（课题骨干）
2023-2024：国家自然科学基金专项项目，共享航次计划2022年度南海中部海盆科学考察实验研究，在研，参与（航次首席）
2022-2024：企业合作，海洋碳汇技术开发，在研，参与（课题负责人）
2022-2023：国家自然科学基金专项项目，共享航次计划2021年度南海中部海盆科学考察实验研究，结题，参与（航段负责人）
2023: Nanqiang Outstanding Young Talent-class A, Xiamen Univ (厦门大学“南强青年拔尖人才-A类“)
2020: Nanqiang Outstanding Young Talent-class B, Xiamen Univ (厦门大学“南强青年拔尖人才-B类“)
2018: Dissertations Symposium in Chemical Oceanography (DISCO) invitation, Hawaiʻi
2017: Breakthrough Graduate Scholar, University of South Carolina
2015: Marine Science Award for Outstanding Publication, University of South Carolina
2013: Marine Science Award for Outstanding Teaching, University of South Carolina
2013: Travel Award, Association for the Sciences of Limnology and Oceanography
2009: Outstanding Graduate Award, Xiamen University, China
2008: China National Scholarship, Chinese central government, China
2007, 2008: Anniversary Scholarship, Xiamen University, China
2006, 2007, 2008: Outstanding Student Award & 1st Class Scholarship, Xiamen University, China
课题组简介
本课题组主攻海洋有机碳的生地化循环研究，主要通过有机分子浓度和组分分析及单体稳定同位素分析等方法，结合现场采样与实验室受控实验，研究开阔大洋及边缘海活性与惰性有机碳的组成、来源、成因及其与生态系统的耦合。
课题组目前已取得的主要研究成果和贡献包括：
1. 基于氨基酸组分的活性DOC新指标，实现活性DOC在大西洋、太平洋、南北极等海区的大面调查，揭示活性DOC与生态系统生地化过程的耦合关系。
2. 解析惰性DOC成因机制，证明海洋DOC的惰性特征主要受制于化学组成而非分子浓度，为“稳定分子组成”的科学假说提供直接证据。
3. 系统揭示惰性DOC在海洋中的归宿，发现惰性DOC可随外部环境条件改变而被清除，提出惰性DOC寿命与储量可能受控于大洋环流速度的论点。
4. 基于细菌生物标志物（D-氨基酸）首次量化了深海沉降颗粒物中的细菌有机质，揭示了海洋生物泵中不可忽视的细菌贡献。
课题组将在上述方向继续开展深入研究。同时，将围绕国家“碳中和”目标，以海洋惰性DOC、活性DOC和海洋生物泵为重点研究对象，主攻海洋储碳能力和机制的综合性研究。围绕该主攻方向，将开展以下两个方面的研究工作：
1. 海洋惰性DOC的来源示踪与定量
海洋惰性DOC是一个稳定的碳储库，厘清其来源对于探寻潜在增汇途径尤为重要，近年来吸引众多国内外研究学者的关注。“微型生物碳泵”理论指出，细菌是海洋惰性碳库的重要来源。然而，对于如何定量示踪和评估细菌源的贡献、产率及其调控因子等关键科学问题仍了解甚少。本课题组拟通过细菌生物标志物浓度分析，结合现场大面调查和实验室培养实验，探明海洋惰性DOC的细菌来源和贡献，定量评估细菌源惰性DOC的产率及其关键调控因子。
2. 深海活性DOC的来源示踪及评估
活性DOC是海洋中异养微生物的主要能量来源，在海洋物质循环和能量流动中发挥重要作用。通常认为深海（>1000m）DOC都是惰性的，难以被微生物利用，深海微生物主要利用来自上层海洋的沉降颗粒有机物，但是近期的研究通过同位素手段揭示深海存在活性DOC支撑微生物活动。如何示踪和评估深海活性DOC是一个巨大的挑战，传统的受控培养实验因DOC浓度低、培养周期长、易污染等因素难以应用于深海DOC生物可利用性评估。氨基酸是海洋中最活性的DOC分子之一，本课题组拟分析深海及原位海水降解培养实验的氨基酸，探明深海活性DOC的分布特征、潜在来源（如沉降颗粒物溶解、浮游动物释放、化能自养释放等），进一步拓展对深海DOC循环的认识。
3. 海洋生物泵的储碳机制研究
生物泵是海洋储碳的主要渠道之一。最新的研究揭示了海洋生物泵中细菌的重要贡献，并指出在全球变暖下发挥更加重要的作用。但是对于生物泵中细菌贡献的时空变化及调控因子还有待调查，以更充分地评估全球变化下海洋生物泵储碳趋势与反馈作用。
欢迎对海洋有机碳循环感兴趣的老师同学加入我们！
科研助理
吴林妮 快乐打工人
2023年加入海洋有机碳循环课题组，主要负责实验室和课题组的日常运行，工作内容如下：
1. 负责实验室大型设备的采购和管理维护工作，如离子色谱仪（thermo scientific ICS-6000）超高效液相色谱仪（Agilent 1260 Infinity II UPLC）、总有机碳分析仪（Shimadzu TOC-LCNP Analyzer）、微波蛋白水解仪（CEM MARS6 Microwave）等。
2. 参与实验室测样工作，包括溶解有机碳、氨基酸和营养盐等。
3. 协调并参与出海采样工作。
4. 负责课题组报销等财务管理工作。
邮箱：wuln@xmu.edu.cn
办公室：周隆泉楼A2-411
欢迎联系～
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Shen, Y*., Guilderson, T. P., Chavez, F. P., & McCarthy, M. D. (2023). Important contribution of bacterial carbon and nitrogen to sinking particle export. Geophysical Research Letters, 50(11), e2022GL102485.
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Guo, J.Q., E.P. Achterberg, Y. Shen, H.M. Yuan*, J.M. Song*, …, and L.Q. Duan(2023), Stable carbon isotopic composition of amino sugars in heterotrophic bacteria and phytoplankton: Implications for assessment of marine organic matter degradation. Limnology and Oceanography, 68, 2814-2825.
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Guo, J., Shen, Y., Yuan, H., Song, J., Li, X., Duan, L., & Li, N. (2023). Bacterial reworking of particulate organic matter in a dynamic marginal sea: Implications for carbon sequestration. Organic Geochemistry, 179, 104583.
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Xiao, S., Chen, J., Shen, Y., Chen, Q., Wang, Y., Li, Y., . . . Jiao, N. (2023). Molecular characterization of organic matter transformation mediated by microorganisms under anoxic/hypoxic conditions. Science China Earth Sciences, 66(4), 894-909.
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Dai, M., Zhao, Y., Chai, F., Chen, M., Chen, N., Chen, Y., . . . Hong, Y. (2023). Persistent eutrophication and hypoxia in the coastal ocean. Cambridge Prisms: Coastal Futures, 1, e19.
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Wang, Y., Xie, R., Shen, Y., Cai, R., He, C., Chen, Q., . . . Zheng, Q. (2022). Linking microbial population succession and DOM molecular changes in synechococcus-Derived organic matter addition incubation. Microbiology Spectrum, 10(2), e02308-02321.
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Shen, Y*., & Benner, R. (2022). Reply to comment: Controls on turnover of marine dissolved organic matter—testing the null hypothesis of purely concentration‐driven uptake. Limnology and Oceanography, 67(3), 680-683.
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Shen, Y*., T. P. Guilderson, O. A. Sherwood, C. G. Castro, F. P. Chavez, and M. D. McCarthy (2021), Amino acid δ13C and δ15N patterns from sediment trap time series and deep-sea corals: implications for biogeochemical and ecological reconstructions in paleoarchives. Geochim. Cosmochim. Ac. 297: 288-307
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Shen, Y*., C. G. Fichot, S.-K. Liang, and R. Benner (2016), Biological hot spots and the accumulation of marine dissolved organic matter in a highly productive ocean margin. Limnology and Oceanography, 61:1287-1300.
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Fichot, C. G., R. Benner, K. Kaiser, Y. Shen, R. M. Amon, H. Ogawa, and C.-J. Lu (2016), Predicting dissolved lignin phenol concentrations in the coastal ocean from chromophoric dissolved organic matter (CDOM) absorption coefficients. Frontiers in Marine Science, 3:7.
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Yamashita, Y., C. G. Fichot, Y. Shen, R. Jaffé, and R. Benner (2015), Linkages among fluorescent dissolved organic matter, dissolved amino acids and lignin-derived phenols in a river-influenced ocean margin. Frontiers in Marine Science, 2:92.
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Lechtenfeld, O. J., N. Herkorn, Y. Shen, M. Witt, and R. Benner (2015), Marine sequestration of carbon in bacterial metabolites. Nature Communications, 6:6711, doi:10.1038/ncomms7711
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Peter, S., Y. Shen, K. Kaiser, R. Benner, and E. Durisch-Kaiser (2012), Bioavailability and diagenetic state of dissolved organic matter in riparian groundwater. Journal of Geophysical Research, 117: G04006. doi:10.1029/2012JG002072
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Shen Y., Cai M. G., Huang S. Y., Shi R. G., Li Z., Lu X. X. (2010), Haematococcus pluvialis culture in photobioreactor. Marine Sciences, 34(10), 83-89 (in Chinese)
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