阮楚晋 Chujin Ruan

个人履历 Brief CV

工作经历
2026.04–至今厦门大学海洋与地球学院副教授
2022.11–2026.03 瑞士联邦水科学与技术研究所 (EAWAG) 博士后
2022.08–2024.07 中国农业大学(期间外派至 EAWAG) 博士后
教育背景
2021.03-2022.01 瑞士联邦水科学与技术研究所 (EAWAG) 联合培养博士
2018.09-2022.06 中国农业大学博士
2016.07-2018.06 中国科学院微生物研究所联合培养硕士
2015.09 - 2018.06 广西师范大学硕士

研究方向 Research Interests

1、从噬菌体治疗到噬菌体生态调控 From Phage Therapy to Phage-Based Ecological Regulation
以噬菌体为核心研究对象，通过分子生物学改造赋予噬菌体额外功能，使其不仅能够识别并感染特定细菌，还能承担更精准的杀菌和检测任务。研究重点包括增强其靶向杀菌效率，并引入报告信号或功能模块，实现对目标细菌的快速、高灵敏检测。该方向旨在发展可设计、可调控的功能化噬菌体工具，用于病原菌防控、微生物检测和环境生物安全监测。
2、表面附着微生物的空间组装与功能涌现 Spatial Assembly and Functional Emergence of Surface-Associated Microbial Communities
研究关注微生物在界面上的空间自组织过程，研究不同微生物如何在有限空间中定殖、竞争、协作并形成稳定结构。通过解析这些过程，我们希望理解微生物群落如何从局部相互作用中形成整体功能，并揭示空间结构对群落稳定性和生态适应能力的影响。
3、计算机仿真模拟微生物群落 Individual-based modeling
以 individual-based model（个体基础模型，IBM）为核心方法，构建一个可扩展的“微生物元宇宙”，即在计算机中重建微生物群落时空演化的虚拟生态系统。在个体细胞尺度上，捕捉单个微生物的行为及其相互作用；在微生物群落尺度上，揭示这些局部规则如何汇聚形成群落的空间结构与功能涌现。

代表性论文 Selected Publications

[1] Ruan CJ, Vinod D, Johnson DR. Phage-mediated peripheral kill-the-winner facilitates the maintenance of costly antibiotic resistance. Nature Communications. 2025. 16, 5839.
[2] Ruan CJ, Ramoneda J, Kan A, Rudge T, Wang G, Johnson DR. Phage predation accelerates the spread of plasmid-encoded antibiotic resistance. Nature Communications, 2024, 15, 53972024.
[3] Ruan CJ, Borer B, Ramoneda J, Wang G, Johnson DR. Evaporation-induced hydrodynamics control plasmid transfer during surface-associated microbial growth. npj Biofilms and Microbiomes, 2023, 9, 58.
[4] Ruan CJ, Ramoneda J, Gogia G, Wang G, Johnson DR. Fungal hyphae regulate bacterial diversity and plasmid-mediated functional novelty during range expansion. Current Biology, 2022, 32(24):5285-5294.e4.
[5] Han M, Ruan CJ (Co first Author), Wang G, Johnson DR. Fungal hyphae promote bacterial contact-dependent killing during surface-associated growth. The ISME Journal. 2025. 1751-7362.
[6] Lin ZJ, Ruan CJ (Co-first Author), Xia Rong, Liao JQ, Zhu L, Wang DS, Alvarez P, Yu PF. Bacterium-phage interactions enhance biofilm resilience during membrane filtration biofouling under oxidative and hydraulic stresses. Environmental Science & Technology, 2025. 59 (17), 8614-8628.
[7] Ruan CJ, Ramoneda J, Chen GW, Johnson DR, Wang G. Evaporation-induced hydrodynamics promote conjugation-mediated plasmid transfer in microbial populations. ISME Communications. 2021. 1: 54.
[8] Ruan CJ, Wang J, Zheng XW, Song L, Zhu YX, Huang Y, Lu ZJ, Du WB, Huang L, Dai X. Halovulum marinum sp. nov., isolated from deep-sea water of the Indian Ocean, and emended description of the genus Halovulum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70(8):4523-4530.
[9] Wang J, Ruan CJ (Co-first Author), Song L, Zhu YX, Li A, Zheng XW, Wang L, Lu ZJ, Huang Y, Du WB, Zhou YG, Huang L, Dai X. Gimesia benthica sp. nov., a novel planctomycete isolated from a deep-sea water sample of the Northwest Indian Ocean. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70(7): 4384-4389.
[10] Han M, Ruan CJ (Co-first Author), Wang G, Johnson DR. Evaporation controls contact-dependent bacterial killing during surface-associated growth. ISME Communications. 2025, ycaf034.
[11] Ruan CJ, Zheng X, Wang J, Song L, Zhu YX, Du WB, Lu ZJ, Huang Y, Huang L, Dai X. Hyphobacterium indicum sp. nov., isolated from deep seawater, and emended description of the genus Hyphobacterium. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2018, 68(12): 3760-3765.
[12] 阮楚晋, 郑小伟, 王丽, 王铱, 朱雅新, 王剑, 董志扬, 黄英, 杜文斌, 黄力, 戴欣. 基于流式细胞仪高通量分选的深海微生物单细胞培养. 微生物学报, 2021, 61(3): 1-12.

学术任职 Affiliations/Service

1. 国际微生物生态学学会 (ISME) 早期职业科学家 (ECS) / 审稿人
2. mLife 青年编委
3.《微生物学通报》青年编委
4.《土壤学报》青年编委
5. Nature Communications, The ISME Journal (>10), Environmental Science & Technology, Environmental Microbiology, ISME Communications, Chemical Engineering Journal, Journal of hazardous materials, Bioresource Technology, Applied microbiology and biotechnology, 微生物学通报, 微生物学报, 土壤学报等期刊审稿人

研究生课程：

科技论文写作

本科生课程：

海洋微生物学

海洋微生物学实验

科研助理：侯绪浩

2026 博士：马宣宣

2026 硕士：李毅晖

ISME J 2025 年度封面

2024 国际生物学跨尺度会议 (葡萄牙) 最佳报告奖

PH Group 课题组简介

PH Group 的名称凝聚了我们对科研、微生物与自然关系的多重理解。PH 首先代表 Pathogen Hunter，意为“病原体猎人”。我们关注病原微生物的发生、传播与适应机制，致力于精准识别病原体及其关键弱点，在人类与病原体长期博弈的过程中寻找新的防控思路。

PH 也代表 Probiotics Helper，意为“益生菌的助手”。我们相信，微生物并不只是疾病的来源，也可以是维持生态平衡和促进健康的重要力量。课题组关注有益微生物在不同环境中的功能发挥，探索如何通过理解、调控和利用微生物群落，促进微生态稳态与人类健康。

同时，PH 还代表 Philosophy。我们认为科研不仅是实验和数据的积累，更是对生命、环境与自然规律的持续思考。科学研究与哲学思辨相互交织，帮助我们从更深层次理解微生物世界，也帮助我们在复杂现象中提出真正有意义的问题。

此外，PH 还象征 Phage & pH。噬菌体是我们理解微生物生态与病原控制的重要研究对象，而 pH 值则代表环境科学中基础却关键的调控因子。二者共同体现了课题组对生命体系与环境平衡的关注，也体现了我们希望在微观机制与宏观生态之间建立联系的研究追求。

总体而言，PH Group 致力于围绕病原体、有益微生物、噬菌体和环境因子展开交叉研究，在微生物生态、健康保护和自然平衡之间寻找新的科学答案。我们希望以严谨的实验、开放的思考和对自然的敬畏，探索微生物世界中隐藏的规律，并为人类健康与生态可持续发展提供新的启发。

Phage-mediated peripheral kill-the-winner facilitates the maintenance of costly antibiotic resistance
Phage predation accelerates the spread of plasmid-encoded antibiotic resistance
Evaporation-induced hydrodynamics control plasmid transfer during surface-associated microbial growth
Fungal hyphae regulate bacterial diversity and plasmid-mediated functional novelty during range expansion
Fungal hyphae promote bacterial contact-dependent killing during surface-associated growth

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